|
| |
|
|
Methods for prediction of secondary structure in proteins
Hoštáková, Nina ; Provazník, Ivo (oponent) ; Maděránková, Denisa (vedoucí práce)
The examination of protein structure is crucial in determining protein function in organism. This work deals with the issue of 1D, 2D and 3D structures, into which are proteins organized in space. Emphasis is placed on secondary structure, which can be predicted directly from the amino acid sequences and then used for the estimation of spatial structure. On this procedure are focused computational methods, using algorithms that convert the order of amino acids into the order of preferences for secondary structures. To direct determination of the structure by creating structural models is devoted chapter Experimental Methods (NMR spectroscopy, RTG crystallography). The main aim of this work is practical realization of protein secondary structure prediction method. The created program is supplemented by graphical user interface. In the final part the results of the program based on Chou- Fasman method are compared to the outputs of freely available softwares from the Internet.
|
|
|
Měření konformačních vlastností nukleových kyselin
Hrazdilová, Ivana ; Renčiuk,, Daniel (oponent) ; Maděránková, Denisa (vedoucí práce)
Tato bakalářská práce se zabývá charakteristikou nejvýznamějších konformací nukleových kyselin. Kromě klasické B-DNA šroubovice popisuje i alternativní konformace A-DNA, Z-DNA, triplexu, nebo také guaninového, či cytozinového kvadruplexu. Dále je zde uveden přehled nejrozšířenějších metod používaných pro určení konkrétní konformace. Mezi metody uvedené v práci patří nukleární magnetická rezonance (NMR), metoda cirkulárního dichroismu (CD), rentgenová krystalografie, výpočetní metody, absorpční spektrofotometrie a její využití při analýze křivek tání. V prostředí MATLAB byl vytvořen algoritmus s grafickým uživatelským rozhraním pro analýzu křivek tání, který uživateli poskytuje termodynamické parametry, jako je mezní teplota a entalpie, určující stabilitu zkoumaného vzorku.
|
|
|
Webový server pro predikci sekundární struktury proteinů
Villem, Lukáš ; Očenášek, Pavel (oponent) ; Burgetová, Ivana (vedoucí práce)
Tento diplomový projekt se zabývá problematikou predikce sekundární struktury proteinů. Po teoretickém úvodu následuje studie dostupných nástrojů, návrh a implementace webové aplikace, která kombinuje funkcionalitu několika webových nástrojů pro predikci sekundární struktury. Uživatel má možnost volit si počet využitých metod a vložit vybranou sekvenci jako prostý text nebo jako soubor ve standardním formátu. Získáním výsledků z vybraných nástrojů lze data konvertovat na unifikovaný formát, výsledek zobrazit uživateli a nad daty vytvořit vlastní predikci. Výsledná aplikace je testována a vliv jednotlivých nástrojů je upraven s cílem zvýšit úspešnost predikce. Výstupem aplikace je výsledek predikce, který je opět k dispozici jako text nebo soubor ke stažení.
|
|
|
Vyhledávání kvadruplexů v DNA sekvencích
Sečka, Martin ; Lexa, Matej (oponent) ; Martínek, Tomáš (vedoucí práce)
Tato diplomová práce se zabývá vyhledáváním, vizualizací a filtrací sekvencí potenciálně tvořících kvadruplexy v sekvencích DNA. Ve spolupráci s Biofyzikálním ústavem AV ČR byla za tímto účelem vytvořena webová aplikace, která využívá nový algoritmus pro hledání všech možných umístění kvadruplexů v rámci zadané sekvence. Návrh a implementace tohoto algoritmu jsou také součástí této práce.
|
|
|
RNA secondary structure conservation identification module for rPredictor
Pešek, Jan ; Hoksza, David (vedoucí práce) ; Škoda, Petr (oponent)
Porovnávání sekundárních struktur ribozomálních RNA je oblast, která je v současné době otevřeným výzkumným problémem. Tato práce se soustředí na vývoj programu porovnávajícího tzv. vzájemnou zakonzervovanost skupiny sekundárních rRNA struktur. Tento program je začleněn jako nový modul existujícího systému rPredictor, skládajícího se z databáze struktur a algoritmu pro predikci těchto struktur. Práce zahrnuje úvod do problematiky identifikace konzervovanosti sekundárních struktur a shrnuje známé přístupy k tomuto problému. Výsledkem práce je pak samostatně funkční program pro porovnávání konzervovanosti sekundárních struktur a dále nový analytický modul systému rPredictor, v jehož rámci lze pomocí implementovaného programu porovnávat sekundární struktury ze systémové databáze. Powered by TCPDF (www.tcpdf.org)
|
|
| |
|
| |
|
|
Web-based tool for RNA secondary structure visualization
Saksa, Jakub ; Hoksza, David (vedoucí práce) ; Škoda, Petr (oponent)
Vizualizácia sekundárnej štruktúry RNA je otvoreným problémom, pretože neexistuje presný popis ako ju vykresliť, zobrazenie akceptované komunitou je zvykové. Prístup implementovaný v nástroji Traveler, ktorý vznikol na Katedre softwarového inženýrství MFF UK, používa pre vizualizáciu šablónu v podobe inej, už existujúcej štruktúry. Prvá verzia programu mala však niekoľko nedostatkov znemožňujúcich jeho použitie. Cieľom tejto práce bolo vylepšiť Traveler a vytvoriť tak nástroj, ktorého používanie bude pre užívateľa prístupnejšie. Vylepšeniami sú schopnosť spracovávať pseudouzly, medziformát pre obrázky sekundárnych štruktúr a úprava algoritmu pre tvorbu layoutu. Ďalším cieľom práce bolo vytvoriť webovú aplikáciu, ktorá bude slúžiť ako užívateľské rozhranie. Vytvorená aplikácia je schopná sama vybrať šablónu pre cieľovú štruktúru a vizualizovať ju.
|
|
|
Predikce sekundární struktury proteinu pomocí hlubokých neuronových sítí
Filippi, Michal ; Hoksza, David (vedoucí práce) ; Matzner, Filip (oponent)
Znalost struktury, kterou proteiny zaujímají v prostoru, je klíčovým faktorem při studiu jejich funkce. Experimentální zjištění struktury je ale nákladné a časově náročné, proto jsou velmi populární predikční modely struktury. Nejvýraznějším podproblémem predikce struktury proteinů je predikce lokálního uspořádání sou- sedících aminokyselin určeného vodíkovými vazbami, tzv. sekundární struktury proteinů. Tato práce se zaměřuje na využití hlubokých neuronových sítí v pre- dikci sekundární struktury. Na implementovaném predikčním modelu jsou v rámci této práce testovány různé modifikace sítě, především je pak provedeno srovnání LSTM a GRU paměťových buněk. Dále jsou zkoumány nové metody předzpraco- vání proteinů, a to zrychlení klasické metody výpočtu PSSM a zahrnutí predikce terciární struktury mezi vstupy predikčního modelu. V poslední části práce je ověřována použitelnost vyhlazovacích metod pro modely predikující složitější os- mistavové rozdělení sekundárních struktur. 1
|
host ::
RSS.